公積金貸款后，錢是從還款銀行卡中扣除。公積金中心只負責審核公積金貸款申請，簽訂房貸合同、放款還是由銀行來進行，因此由哪家銀行放款，還款銀行卡就是哪家銀行的。而辦理了公積金對沖，系統(tǒng)會扣除公積金賬戶余額來抵消每月應還的房貸，當公積金賬戶余額不足時，才會扣還款銀行卡中的錢。

因此，公積金貸款可能會從多個渠道進行扣款，但總扣款金額肯定會與應還款金額保持一致。