兩種都要的，也就是說，先從你的公積金賬戶中扣款，當賬戶中余額不足時，再從你辦理貸款時預留的卡中扣款。
具體而言，公積金貸款還款方式有兩種：
1、月充
每個月從你的公積金賬戶中扣除你每月的還款額，待你的公積金賬戶的余額被扣完之后，你就需要往你的卡里面充錢(辦理公積金貸款的時候應該會要求你辦理一張銀行卡的)。
2、年充
每年的4月和9月把你的公積金余額一次性充還貸，平時還是跟月充的還款方式相同的。
擴展資料：
因為商業(yè)貸款利率一般高于住房公積金貸款利率，所以目前很多購房者貸款時基本首選公積金貸款。
1、公積金貸款的好處
（1）公積金貸款可以不受開發(fā)商銀行帳戶的限制，可自由選擇銀行進行還款。
（2）貸款利息遠遠要低于商業(yè)貸款，目前公積金貸款利率在3.25%左右，而商業(yè)貸款則在4.9%左右。
（3）住房公積金可以提前還款，這樣可以利用資金空余狀態(tài)大大降低購房成本，而商業(yè)銀行一般對提前還款都有限制。
（4）住房公積金貸款可選擇的房源多，并對二手房房齡限制較少。
2、公積金貸款的必要條件
（1）首先看自己有沒有公積金賬戶。
這個在平常工資明細中都能看出來，看單位有沒有給你繳納，只要繳了你就有賬戶，也可以登陸當?shù)毓e金中心的網(wǎng)站進行查詢。
（2）在有公積金賬戶的前提下，申請貸款當月之前必須連續(xù)足額正常繳存6個月以上或者累計繳存公積金一年以上，并且目前仍在繳存公積金的才有資格申請貸款。
（3）如果夫妻雙方二人不管哪一方有未還清的公積金貸款，那將不能再獲得住房公積金貸款資格。
（4）如果有未還清并且數(shù)額較大的貸款或有征信污點，那也將不能獲得住房公積金貸款資格。
（5）貸款人的年齡與貸款年限之和必須小于70歲，舉個例子，比如你現(xiàn)在40歲，你申請貸款30年，那公積金管理中心就不會批準.
（6）貸款前，商品房買賣合同必須簽訂。